Dicembre 2000: Eurofly diventa la Compagnia charter ufficiale del Gruppo Alitalia. Maggio 2001: Eurofly imbocca la strada del rinnovamento introducendo 5 nuovi Airbus 320 per la rete di medio raggio. Estate 2002: Eurofly diventa la prima compagnia italiana ad operare sul lungo raggio con due nuovissimi Airbus 330-200, uniformando così la sua flotta. 15 settembre 2003: viene perfezionata la cessione dell'80% delle azioni di Eurofly da Alitalia a Spinnaker Luxembourg che, in data 9 luglio 2004, acquista la restante parte del capitale sociale di Eurofly, divenendone azionista al 100%. Maggio 2004: nasce il nuovissimo portale di Eurofly, nel quale è possibile acquistare direttamente, senza intermediari, i voli Eurofly e costruire la propria vacanza in modo personalizzato. Autunno 2004: Eurofly debutta con la nuova livrea dove spicca una grande "e" rossa sulla coda con lunghe bande grigio perla che corrono sul campo bianco della fusoliera. E da novembre, Eurofly è la prima compagnia aerea italiana a stabilire una base operativa a Sharm El Sheikh, per collegare più comodamente oltre 10 città italiane con questa importante località turistica. Inizio 2005: la flotta di Eurofly si amplia significativamente, con l'entrata di 3 aeromobili A-320. Maggio 2005: le attività di lungo raggio si arricchiscono di un ulteriore aeromobile A-330. Estate 2005: Eurofly avvia collegamenti diretti fra Napoli, Bologna e Palermo e New York. Dicembre 2005: Eurofly è quotata al mercato MTA della borsa valori di Milano.